Den Couscous in eine Schüssel geben. Die Gemüsebrühe aufkochen, über den Couscous gießen und zugedeckt etwa 10 Minuten quellen lassen.
Den Backofen auf 200 °C Ober-/Unterhitze vorheizen. Die Zucchini längs halbieren und mit einem Löffel vorsichtig aushöhlen. Das Fruchtfleisch fein würfeln und beiseitestellen.
Zwiebel und Knoblauch schälen und fein hacken. Die Paprika in kleine Würfel schneiden. Das Olivenöl in einer Pfanne erhitzen und Zwiebel sowie Knoblauch glasig anschwitzen. Paprika und das gewürfelte Zucchinifruchtfleisch hinzufügen und etwa 5 Minuten anbraten. Das Tomatenmark unterrühren und kurz mitrösten.
Die Gemüsemischung mit dem Couscous vermengen. Kirschtomaten halbieren, den Feta zerbröseln und zusammen mit der fein gehackten Petersilie, dem Thymian und dem Paprikapulver unterheben. Mit Salz und Pfeffer abschmecken.
Die Zucchinihälften in eine leicht geölte Auflaufform legen und großzügig mit der Couscous-Füllung füllen. Mit dem geriebenen Käse und den Sonnenblumenkernen bestreuen.
Die gefüllten Zucchini etwa 35 Minuten im vorgeheizten Ofen backen, bis sie weich sind und der Käse goldbraun geschmolzen ist. Nach Belieben vor dem Servieren mit etwas frischer Petersilie bestreuen und direkt aus dem Ofen genießen.